Mannen en vrouwen meervleermuizen leven het hele jaar gescheiden leefgebieden. De vrouwen leven in kraamkolonies en hebben hun eigen voedselgebied. De mannen leven in gebieden nabij de vrouwtjes, maar ook langs de grote rivieren in gebieden waar vrouwtjes pas in het najaar te vinden zijn. Meervleermuizen gedijen goed bij deze lat relatie. Als ze elkaar in de zomer toch ontmoeten worden de mannen vaak weggejaagd.
In de afbeelding zie je een schematische weergave van de groepsstructuur van de meervleermuizen in de zomer. De rode cirkels geven de locaties van de vrouwtjes zomerverblijven aan, met daarom heen hun leefgebied in oranje. De mannetjes verblijven zijn weergegeven in blauw, met in lichtblauw hun leefgebieden. De afmetingen van de donkerrode en donkerblauwe cirkels representeren de groepsgrootte van de verblijven: van 1 tot 65 dieren (de mannen) en van 100 tot 750 dieren (de vrouwen). De blauw met gele driehoeken geven de winter en paarverblijven aan.